Церковь Трифона в Напрудном является статусом объекта культурного наследия федерального значения. Было составлено подробное описание всех ценных элементов храма. Об этом изданию «Вести Подмосковья» сообщили в пресс-службе департамента культурного наследия города Москвы. 

Считается, что церковь не имеет точной даты постройки. У историков есть мнение, что храм на холме, окруженном со всех сторон водой появился в конце XV – начале XVI веков.

После Великой Отечественной войны зданию вернули исторический облик и отказались от идеи его переноса в другое место. В Третьяковской галерее находится фреска конца XVI века с изображением святого Трифона, ранее размещавшаяся на фасаде храма. 

Предметами охраны церкви были признаны его архитектурный облик со шлемовидной главой и крестом XV-XVII веков, а также крыша звонницы, оформление фасадов, планировка внутреннего помещения и сохранившиеся со XVI века голосники (замурованные в стены глиняные сосуды, усиливавшие акустику).